Peter J. Park

Harvard Medical School, Boston

'Park Lab'은 질병 과정과 관련된 유전적 및 후성유전적 메커니즘을 이해하기 위해 대규모 DNA 시퀀싱 데이터의 계산 및 통계 분석을 전문적으로 수행하고 있습니다. 우리 연구소는 유전체학 연구를 위한 국가 컨소시엄에서 중요한 역할을 하고 있으며, 하버드 및 전 세계의 주요 실험실과 광범위하게 협력하고 있습니다. We specialize in computational and statistical analysis of large-scale DNA sequencing data to understand genetic and epigenetic mechanisms related to disease processes. In the past few years, we have focused on mutational

중점 분야: 유전자 및 세포 치료제

'Park Lab'은 질병 과정과 관련된 유전적 및 후성유전적 메커니즘을 이해하기 위해 대규모 DNA 시퀀싱 데이터의 계산 및 통계 분석을 전문적으로 수행하고 있습니다. 우리 연구소는 유전체학 연구를 위한 국가 컨소시엄에서 중요한 역할을 하고 있으며, 하버드 및 전 세계의 주요 실험실과 광범위하게 협력하고 있습니다.

1. 호스트 연구원(PI) 및 연구실 개요

■ 기관/소속부서

하버드 의과대학 의생명정보학과

■ 연구실 이름

파크랩 - 전산유전체학

■ 연구책임자(PI) 정보

피터 J. 박 박사

하버드 의과대학 의생명정보학과 교수

10 Shattuck Street, Boston, MA 02115

이메일 주소: peter_park@hms.harvard.edu

연구실 웹사이트 또는 관련 링크: https://compbio.hms.harvard.edu

파크랩 홀리데이 파티 2024

2. 연구분야 및 전문성

■ 핵심연구분야 (3~5개 키워드)

생물정보학, 체세포변이, 단일세포 분석, 암유전체학, 뇌질환

■ 연구목표 및 비전

우리는 질병 과정과 관련된 유전적, 후성유전적 메커니즘을 이해하기 위해 대규모 DNA 염기서열 분석 데이터의 전산 및 통계 분석을 전문으로 합니다. 지난 몇 년 동안 우리는 정상 세포의 돌연변이 과정과 그것이 암과 뇌 질환에 미치는 영향에 중점을 두었습니다. 우리는 유전체학 연구를 위한 국가 컨소시엄에서 중요한 역할을 하고 있으며 하버드 및 전 세계의 주요 실험 연구소와 광범위하게 협력하고 있습니다.

■ 프로그램 관련 연구 분야

체세포 돌연변이 검출, 돌연변이 시그니처 분석, 단일 세포 전체 게놈 시퀀싱, 롱리드 시퀀싱을 위한 알고리즘 개발

■ 주요실적/대표저서

Jin H, Gulhan DC, Geiger B, Ben-Isvy D, Geng D, Ljungström V, Park PJ. (2024) Accurate and sensitive mutational signature analysis with MuSiCal, Nat Genet, 56:541–552.
Ganz J*, Luquette LJ*, Bizzotto S*, Miller MB, Zhou Z, Bohrson CL , Jin H, Tran AV , Viswanadham VV, McDonough G, Brown K, Chahine Y, Chhouk B, Galor A, Park PJ**, Walsh CA**. (2024) Contrasting somatic mutation patterns in aging human neurons and oligodendrocytes, Cell, 187:1955-1970.
Lee JJK, Jung YL, Cheong TC, Valle-Inclan JE, Chu C, Gulhan DC, Ljungstrom V, Jin H, Viswanadham VV, Watson EV, Cortes-Ciriano I, Elledge SJ, Chiarle R, Pellman D, Park PJ. (2023) ERɑ-associated translocations underlie oncogene amplifications in breast cancer, Nature, 618:1024-1032.
Luquette LJ*, Miller MB*, Zhou Z*, Bohrson CL, Zhao Y, Jin H, Gulhan D, Ganz J, Bizzotto S, Kirkham S, Hochepied T, Libert C, Galor A, Kim J, Lodato MA, Garaycoechea JI, Gawad C, West J, Walsh CA**, Park PJ**. (2022) Single-cell genome sequencing of human neurons reveals somatic point mutation and indel enrichment in regulatory elements, Nat Genet, 54:1564-1571.
Cortés-Ciriano I, Gulhan DC, Lee JJ-K, Melloni GEM, Park PJ. (2022) Computational analysis of cancer genome sequencing data, Nat Rev Genet, 23:298-314.3.

3. 인프라 및 이용 가능한 기술/장비

■ 연구실에서 사용할 수 있는 주요 기술, 도구 또는 플랫폼에 대한 설명

고성능 컴퓨팅 클러스터
전체 게놈 및 단일 세포 염기서열 분석을 위한 맞춤형 파이프라인
공개 및 컨소시엄 기반 데이터 세트(예: ENCODE, TCGA, SMaHT)에 대한 액세스

■ Mentoring

박 박사는 차세대 계산생물학자들을 멘토링하는 데 깊이 헌신하고 있습니다. 그의 훈련생들은 미국, 유럽, 아시아의 주요 기관에서 성공적인 학업 경력을 쌓았을 뿐만 아니라 제약 및 데이터 과학 회사에서도 근무했습니다. 그는 또한 지난 15년 동안 하버드에서 생물정보학 및 통합 유전체학 분야의 박사 과정 책임자로 재직했습니다.

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논문

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Comparative analysis of metazoan chromatin organization

Nature, 2014 | https://doi.org/10.1038/nature13415

Ho JW, Jung YL, Liu T, Alver BH, Lee S, Ikegami K, Sohn KA, Minoda A

게재처 지표 19.1
Impact of sequencing depth in ChIP-seq experiments

Nucleic acids research, 2014 | https://doi.org/10.1093/nar/gku178

Jung YL, Luquette LJ, Ho JW, Ferrari F, Tolstorukov M, Minoda A, Issner R, Epstein CB

게재처 지표 31.5
A genome-wide view of microsatellite instability: old stories of cancer mutations revisited with new sequencing technologies

Cancer research, 2014 | https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-14-1225

Kim TM, Park PJ

게재처 지표 15.7
The landscape of microsatellite instability in colorectal and endometrial cancer genomes

Cell, 2013 | https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.10.015

Kim TM, Laird PW, Park PJ

게재처 지표 61.3
Diverse mechanisms of somatic structural variations in human cancer genomes

Cell, 2013 | https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.010

Yang L, Luquette LJ, Gehlenborg N, Xi R, Haseley PS, Hsieh CH, Zhang C, Ren X

게재처 지표 61.3
Functional genomic analysis of chromosomal aberrations in a compendium of 8000 cancer genomes

Genome research, 2013 | https://doi.org/10.1101/gr.140301.112

Kim TM, Xi R, Luquette LJ, Park RW, Johnson MD, Park PJ

게재처 지표 16.3
Nozzle: a report generation toolkit for data analysis pipelines

Bioinformatics (Oxford, England), 2013 | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt085

Gehlenborg N, Noble MS, Getz G, Chin L, Park PJ

게재처 지표 13.6
Histone variant H2A.Bbd is associated with active transcription and mRNA processing in human cells

Molecular cell, 2012 | https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.06.011

Tolstorukov MY, Goldman JA, Gilbert C, Ogryzko V, Kingston RE, Park PJ

게재처 지표 21.9
Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster

Nature, 2011 | https://doi.org/10.1038/nature09725

Kharchenko PV, Alekseyenko AA, Schwartz YB, Minoda A, Riddle NC, Ernst J, Sabo PJ, Larschan E

게재처 지표 19.1
Copy number variation detection in whole-genome sequencing data using the Bayesian information criterion

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011 | https://doi.org/10.1073/pnas.1110574108

Xi R, Hadjipanayis AG, Luquette LJ, Kim TM, Lee E, Zhang J, Johnson MD, Muzny DM

게재처 지표 11.4
Evidence for dosage compensation between the X chromosome and autosomes in mammals

Nature genetics, 2011 | https://doi.org/10.1038/ng.991

Kharchenko PV, Xi R, Park PJ

게재처 지표 25.4
Impact of chromatin structure on sequence variability in the human genome

Nature structural & molecular biology, 2011 | https://doi.org/10.1038/nsmb.2012

Tolstorukov MY, Volfovsky N, Stephens RM, Park PJ

게재처 지표 16.7
ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology

Nature reviews. Genetics, 2009 | https://doi.org/10.1038/nrg2641

Park PJ

게재처 지표 46.0
Comparative analysis of H2A.Z nucleosome organization in the human and yeast genomes

Genome research, 2009 | https://doi.org/10.1101/gr.084830.108

Tolstorukov MY, Kharchenko PV, Goldman JA, Kingston RE, Park PJ

게재처 지표 16.3
Meta-analysis of glioblastoma multiforme versus anaplastic astrocytoma identifies robust gene markers

Molecular cancer, 2009 | https://doi.org/10.1186/1476-4598-8-71

Dreyfuss JM, Johnson MD, Park PJ

게재처 지표 54.5
Integration of heterogeneous expression data sets extends the role of the retinol pathway in diabetes and insulin resistance

Bioinformatics (Oxford, England), 2009 | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp559

Park PJ, Kong SW, Tebaldi T, Lai WR, Kasif S, Kohane IS

게재처 지표 13.6
Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins

Nature biotechnology, 2008 | https://doi.org/10.1038/nbt.1508

Kharchenko PV, Tolstorukov MY, Park PJ

게재처 지표 16.6
Integrative analysis reveals the direct and indirect interactions between DNA copy number aberrations and gene expression changes

Bioinformatics (Oxford, England), 2008 | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn034

Lee H, Kong SW, Park PJ

게재처 지표 13.6
nuScore: a web-interface for nucleosome positioning predictions

Bioinformatics (Oxford, England), 2008 | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn212

Tolstorukov MY, Choudhary V, Olson WK, Zhurkin VB, Park PJ

게재처 지표 13.6
CGHweb: a tool for comparing DNA copy number segmentations from multiple algorithms

Bioinformatics (Oxford, England), 2008 | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn067

Lai W, Choudhary V, Park PJ

게재처 지표 13.6

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갱신 2026-08-22 · 출처 ORCID · PubMed