ISMB/ECCB 2025
뉴스 · 2025-08-06 · 조회 101
1. 학회 개요
ISMB는 생물학 및 생물정보학회에서 권위 있고 영향력 있는 국제 학회 중 하나로, - 국제계산생물학회(ISCB) 가 주최하는 학회이다. 본 학회는 전세계 연구자들이 참여하여 최신 연구 동향, 연구 방법 및 첨단 분석 기법 등을 공유하는 장으로 기능하며, 생물정보학 분야의 저명한 연사들이 다수 참여하여 수준 높은 발표 세션을 진행한다. 아울러 이번 학회는 ECCB 와의 공동 개최를 통해 유럽 지역의 연구자들과 네트워크를 구축할 수 있는 뜻깊은 자리였다.
그림 1. ISMB/ECCB opening
2. 학회 강연
ISMB/ECCB 2025 에서는 각 일마다 진행되는 5개의 키노트 세션과 39개의 연구 분야별 세션을 포함한다. 또한 8개의 각기 다른 네트워크 이벤트를 진행하여, 각국의 연구자들과 교류할 수 있는 교류의 장을 제공하였다. 다양한 학회 행사 중 인상깊었던 키노트 강연과 세션을 소개하고자 한다.
그림 2. John Jumper의 Keynote
■ AlphaFold를 확장하여 생체분자 상호작용의 세계 전반에 걸쳐 예측 가능
2024 년도 노벨 화학자 수상자인 Google DeepMind의 John Jumper 박사의 개막 키노트 강연이었다. AlphaFold 1에서 단백질 구조 예측을 시작으로, AlphaFold2를 어떻게 발전시켰는지 각 과정에 대한 설명을 들을 수 있었다. 가장 인상깊었던 부분은 evolutionary coupling을 넘어선 새로운 attention 매커니즘에 대한 설명이었다. Axial attention 기법을 활용하여 단백질의 3차원적 상호작용을 더욱 정확하게 예측할 수 있게 되었으며, 이를 통해 실제 생체분자들의 결합을 모델링한다고 설명하였다.
노벨상 수상자의 강연을 직접 들을 수 있다는 것 자체로 정말 영광스러웠다. 특히 alpha fold2 논문을 작성하는 과정에서, 리뷰어가 평가 매트릭스를 추가하는 것을 제안했고 이로 인해 조금 힘들었지만 결과적으로 논문의 품질을 높일 수 있었다는 일화를 공유해 주셨다. 생물학 분야의 패러다임을 바꾼 대단한 연구자도 리뷰 과정이 항상 순탄하지는 않았다는 이야기를 들으며 동질감이 느껴졌다. 동시에 실험을 설계하고 테스트하는 과정이 짧은 시간 내에 이뤄진다는 사실을 통해 거장들의 효율적인 연구 프로세스를 배울 수 있는 귀중한 강연이었다.
그림 3. Amos Bairoch의 Keynote
■ 플러스 ça 변경, 플러스 c'est la même 선택": Swiss-Prot에서 Cellosaurus까지, 40년간의 바이오큐레이션
제네바 대학의 명예 교수인 Amos Bairoch 의 키노트 강연은 40년간 biocuration 분야에서 변하지 않은 핵심 가치와 현재 도전 과제들을 이야기하였다. 본 강연을 통해 생물학적 데이터 분야가 생각보다 훨씬 광범위하다는 것을 깨달을 수 있었다. 가장 인상깊었던 부분은 오랜 시간 biocuration 분야에서 연구해 온 선배 연구자로서 젊은 연구자들에게 어떻게 연구를 진행해야 하는지 조언을 해 주신 것이었다.
무엇보다 일반적인 강연이 아니라 청중들에게 지속가능한 바이오 데이터 분야 발전을 위한 아이디어를 직접 묻고 의견을 수렴하는 방식이 매우 인상적이었다. 각국의 발표자들이 자신의 의견을 이야기하고, 이에 박수로 동조를 보내는 연구자들을 보는 것은 특별한 경험이었다. 40년 경력의 대가임에도 불구하고 여전히 배우려는 자세와 함께 분야 전체의 미래를 고민하는 모습에서 진정한 연구자의 자세를 배울 수 있는 의미 있는 강연이었다.
그림 4. Hui Yang의 session■ NIH - 인간 심장의 사이버-물리적 결합을 위한 네트워크 과학
NIH 세션은 NIH Track on GenAI, Cyberinfrastructure, Digital Twins, and Quantum Computing으로, 생성형 ai, 양자 컴퓨팅 및 디지털 트윈과 같은 다양한 기술을 접목한 생명 연구자들의 발표로 구성되었다. 다양한 세션 중 본 세션의 심장 디지털 트윈 연구가 가장 인상깊었다.
Hui Yang 는 심장 디지털 트윈 분야의 연구자로, graph network model 을 활용하여 심장을 모델링하는 연구를 소개하였다. 특히 랜덤 네트워크에서 self-organization을 통해 심장 모델을 생성하는 과정이 흥미로웠다. 연구 과정에서 특정 초기 파라미터는 잘 작동하지 않고, 어떤 파라미터는 효과적으로 작동하는 현상을 발견하고 이를 최적화하기 위해 노력했다고 설명하였다.
특히 인상적이었던 부분은 디지털 트윈 심장을 기반으로 심장의 합성 데이터를 생성하여, 심장 윤곽 감지 모델의 성능을 크게 향상시킨 연구 사례였다. 이를 통해 디지털 트윈 기술이 실제 의료 분야에서 어떻게 활용될 수 있는지 구체적인 사용 방안을 확인할 수 있었다.
3. 포스터 발표 및 참관
그림 5. 포스터 발표 장소
본 참가자는 편미분방정식 기반 수치 시뮬레이션을 통해 합성 무당벌레 패턴 이미지 데이터셋을 구축하여 포스터 발표를 진행하였다. 본 데이터셋은 생물학 데이터 뿐 아니라 딥러닝 분야의 분류 및 생성 모델로서 활용될 수 있다는 점이 다양한 연구자로부터 흥미롭다는 의견을 들었다.
또한, 어떤 방정식 구조를 통해 무당벌레 패턴이 생성되는지 질문을 받았으며, 방정식에 사용되는 각 파라미터가 실제적으로 어떤 영향을 미치는지에 대한 질문을 받았다. 포스터 발표를 통해 연구를 어떻게 마무리하면 좋을지 아이디어를 얻을 수 있었고, 이를 발전시켜 완성도 있는 데이터셋을 구축하고 논문을 작성할 계획이다.
4. 학회 소감
세계의 저명한 연사들의 발표와 함께 다양한 연구 분야의 최신 동향을 접할 수 있는 매우 유익한 학회였다. 특히, 생물학 데이터를 어떻게 큐레이션 할 수 있는지에 대한 발표를 직접 들으며, 현재 진행하고 있는 합성 생물학 데이터 연구의 방향성을 다시금 확인하고 앞으로의 연구 및 논문 방향성을 새롭게 설정할 수 있었다.
더불어, 대부분의 생물학 분야에서 딥러닝이 지배적이며, 특히 구조를 유지할 수 있는 graph neural network 나 attention based model을 활발히 활용함을 확인할 수 있었다. 대규모 학회에서 다양한 연구자들을 보며 각자의 분야에서 몰두하는 연구자들의 모습에서 깊은 인상을 받았고, 본인 역시 열정적으로 연구에 집중해야겠다는 에너지를 얻었다. 마지막으로 본 학회 참석을 지원해주신 KOBRA 관계자분들께 깊은 감사를 드린다.
■학회명: Intelligent Systems for Molecular Biology / European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB)
■ 개최일: 2025.07.20~2025.07.24
■ 개최지: 영국, 리버풀
■ 발표 제목: LPD: a synthetic dataset of ladybird wing color patterns generated through extensive numerical analysis of a reaction-diffusion PDE model
■ 작성자: 중앙대학교 석사과정생 우성미